A lébényi apátság XIV. századi viszonyairól a korabeli krónikák és oklevelek szinte semmit nem mondanak, csupán az apátsági birtok egy részét használó, de a bérleti díj fizetését rendre megtagadó Mórichidai Jánossal folytatott perekről maradt fönn néhány adat. Talán az ismétlődő birtokviták következménye volt, hogy monostorának jószágait - nem tudván azokat megvédeni - a lébényi apát az óvári várbirtok urainak védelme alá helyezte, akik az apátsági földeket egy idő után már sajátjuknak tekintették és akként is használták.
Mátyás királynak III. Frigyes német-római császárral vívott háborúi során a nyugati határok mentén állandósultak a németek betörései. A monostor a német dúlásban leégett, kifosztották, szolgáló népeit kirabolták és az ősi kolostor templomával együtt pusztulásnak indult. A monostor nyomorúságos állapota láttán Mátyás király 1478 tavaszán úgy rendelkezett, hogy vissza kell adni az apátság elveszett jószágait: Lébényt, Szentmiklóst, Hosszúfalut (Mecsért), Hanyt, Sásonyt, Juhalt, Andocsot, Bernelt, Nosztojczot, dunai, rábcai, lajtai halászó helyeit.
Szulejmán szultán 1529-es sikertelen bécsi ostroma után a visszavonuló török hadak feldúlták és kifosztották Lébényt és vele a Szent Jakab templomot, amelynek északi tornya ekkor ledőlt, a főhajó boltozata beomlott. A hadjáratot követően az állandósult török veszély okozta létbizonytalanság elől menekülve a bencés szerzetesek elhagyták Lébényt és az anyakolostorba, Szent Márton hegyére menekültek.
Az apátság földjeinek új tulajdonosa - nem tudni, mi módon jutott hozzá - Wecseszlaveczi Boldizsár somogyi földbirtokos lett.
1540-ben a monostor jószágai ismét a pannonhalmi főapát rendelkezése alá kerültek, a bencés szerzetesek azonban többé már nem tértek vissza Lébénybe, a lébényi apát tisztsége is puszta címmé változott csupán.
Az 1529-es török hadjárat során elhurcolt vagy elpusztult lakosság helyére részint németek, részint a török elől menekült horvátok települtek Moson megye falvaiba. Lébényben is ekkor jelentek meg az első katolikus horvát és evangélikus vallású német telepesek. Az ekkortájt létrejött és létszámában egyre növekvő evangélikus közösség az ellenreformáció térhódításáig, az 1660-as évtizedig meghatározó szerepet töltött be a falu életében. 1663 körül azonban az evangélikus prédikátort elűzték, vele a tanító is kénytelen volt elhagyni a falut és 1786-ig nem volt Lébényben evangélikus gyülekezet.
1563-tól Máthéssy István, majd Baksay István lett a lébényi apát. Amikor 1631-ben Baksay meghalt, végrendeletében a lébényi apátságot - minden jel szerint Pázmány Péter esztergomi érsek hatására - a jezsuita rendre hagyta. Hosszú és indulatos viták után - a bencések érthetően nem akartak a kolostor elvesztésébe beletörődni - 1638 februárjában III. Ferdinánd úgy határozott, hogy az apátság jószágait a végrendeletnek megfelelően a jezsuitáknak adja.
