Az 1190 körül épült lébényi bencés monostornak egy 1219–ben kelt bizonyságlevél tanúsága szerint 15–20 lakója lehetett. Az akkor Lénárd apát által vezetett szerzetesi közösség tagja volt a név szerint is említett András mester, a növendékek tanítója, aki bizonyosan nemcsak szerzetesnek készülő tanítványait oktatta az egyházi tudományokra, hanem a kor szokásai szerint társaival együtt a nép fiait is tanította szellemiekre éppúgy, mint a termelőmunkával összefüggő gyakorlati ismeretekre.
Tették ezt András mester és utódai több mint három évszázadon át, mígnem az állandósult török veszély okozta rettegés és bizonytalanság elől 1550 táján Szent Márton hegyére, a pannonhalmi kolostorba menekültek és Lébényt magára hagyták.
A lébényi népoktatás történetében is határkő az 1560-as esztendő, amikor a humanista főpap, Oláh Miklós elnökletével tanácskozó nagyszombati zsinat úgy határozott, hogy az egész királyi Magyarországon minden egyes plébániának tanítót kell alkalmaznia. Ha a község lakossága nagyon szegény és ezért nem bírná a tanító megélhetéséhez szükséges javakat előteremteni, akkor több falu népe közösen tartsa el a tanítót – szólt a rendelkezés. Forrásaink ugyan nem szólnak erről, de bizonyos, hogy a zsinati határozat nyomán Lébényben is megkezdte működését a katolikus iskola.
A reformáció térhódítása az oktatás kettéválását, egy római katolikus és egy evangélikus iskola létrehozását eredményezte a XVII. századi Lébényben.
A korabeli feljegyzések szerint 1638-ban a lébényi lutheránusoknak iskolájuk és iskolamesterük volt Domsa Mátyás személyében. 1673-ban azonban a lutheránus lelkész és a tanító kénytelenek voltak elhagyni a falut, és több mint száz éven át, 1786-ig nem működött Lébényben sem evangélikus egyházközség, sem evangélikus iskola.
1680-ban már kényelmes katolikus iskolaház van a faluban. A tanító Kischich János, akinek éves fizetése családonként egy kenyér, egy mérő rozs és két garas, továbbá gyermekenként 25 dénár, özvegyektől 6 dénár, valamint egy darab szántó, amit a község művelt meg.
1786-tól Stoller János a már ismét működő evangélikus gyülekezet tanítója. Javadalma szalma, széna, kenderföld, káposztaföld, krumpliföld és némi készpénzt. Egy évig maradt Lébényben.
A gyülekezet nehéz anyagi helyzetben lehetett, a távozó tanítónak még négy évig tartozott három forintjával. Mégis ekkor, 1788-ban építették első saját tulajdonú iskolájukat, amely egy tanteremből és egy tanítói lakásból állt.
1841-ben hatalmas tűzvész pusztított a faluban. 80 ház lett a lángok martaléka, köztük a két iskola és a tanítólakás.
Helyreállításuk – Moson vármegye közönségének adakozásából – még ez évben megtörtént.
1852-ben az evangélikus gyülekezet új iskola építését határozta el. Az épületet 1857-ben hozták tető alá 15000 égetett téglából, amelyet báró Sina János ajándékozott az építtetőknek. A község 4000 égetett tégla árával járult hozzá a költségekhez. A nádfedeles, egy tantermes iskola és a hozzá tartozó tanítólakás 1079 forint, öt krajcárba került.
1875–re az épület már szűknek bizonyult, ezért egy új tanterem és altanítói lakás épült, amelynek költségét a hívek felajánlásából fedezték.
Az 1868. évi népiskolai törvény kimondta az általános tankötelezettséget. Eszerint a 6–12 éves korú gyermekek a mindennapos, a 12–15 évesek a heti néhány órás ismétlőiskolát voltak kötelesek látogatni. A törvény hatvan főben állapította meg az egy tanteremre eső tanulólétszámot. Lébényben 1872-ben a tanfelügyelői jelentés szerint 115 gyermek jutott egy tanteremre.
Sok volt a törvény ellenére be sem iratkozott, gyakori a sokat mulasztó tanuló. Az osztálykönyvben sűrűn olvashatni az "elszegődött", "szolgál", "kimaradt" bejegyzéseket. A hiányzások oka dologidőben a mezei munka, télen a gyakori járványok és a szegénység okozta ruhátlanság.
Ez idő tájt kezdett új iskola építéséhez a katolikus felekezet. A három tantermes, tanítói lakással egybeépült iskola munkálatai 1880-ban fejeződtek be. Költségeit a 620 adakozótól összegyűjtött 10.619 forintból fedezték. 1908-ban már ezt az épületet is bővíteni kellett. Az iskola fenntartásával kapcsolatos költségeket eddig 6% pótadó formájában szedték be a hívektől. Most, az építkezés költségeire 110%-os pótadót vetettek ki úgy, hogy ezt az összeget a hívek 10 év alatt fizethették ki 6%-os kamatteher mellett.
A bővítést – telek híján – emeletráépítéssel oldották meg. A ma nagyiskolaként ismert épület költségei 34.000 koronára rúgtak. Az épületbe 1939-ben vezették be a villanyt.
Az evangélikus felekezet 1913-ban építette új, két tantermes iskoláját, a mai "kisiskolát". A régit tanítói lakásokká alakították át, így a fő- és a másodtanító egy-egy háromszobás lakást kapott a régi helyébe.
1948-ban a két lébényi felekezeti iskola állami fenntartásba került, szervezetileg egy intézménnyé vált, és létrejött a nyolcosztályos általános iskola.
1959-ben a volt katolikus iskola épületében egy új tantermet és egy szertárt alakítottak ki 55.000 forint költséggel. Egy évvel később a volt evangélikus iskola bővült két tanteremmel és egy száz négyzetméteres tornaszobával. A költségek 172.967 forintot tettek ki.
A volt leventeotthon épületében napközi otthon létesült. A közművesítésre, a konyha és az étterem kialakítására 120.000 forintot költöttek.
1963 szeptemberében megkezdte működését a lébényi gimnázium, amely 1965-ben két és félmilliós ráfordítással épült korszerű, héttantermes épületet kapott. Az 1977-ig működött intézmény beiskolázási körzete Lébényen kívül Kimlére, Mecsérre, Mosonszentmiklósra és Öttevényre terjedt ki.
1977-ben a megszűnt gimnázium épületét az általános iskola felső tagozatos tanulói vehették birtokba, így lehetővé vált a délelőtti-délutáni váltakozó tanítás megszüntetése.
1981–re a napközi otthonos konyha helyzete közegészségügyi szempontból tarthatatlanná vált. A tornaszoba és két tanterem feláldozásával, mintegy 300.000 forintos költséggel a volt evangélikus iskola épületében új, korszerű konyha és ebédlő létesült.
1981-ben, a kormányzat központosító törekvéseivel összhangban Lébény, Mecsér és Mosonszentmiklós iskoláit szervezetileg összevonták. A három intézmény hét tanéven át egy szervezeti egységként működött, igazgatási központja a lébényi általános iskolában volt.
1990\. augusztus 20-án adták át rendeltetésének azt a 700 négyzetméter alapterületű, korszerű tornacsarnokot, amely széleskörű lakossági összefogás eredményeként, 16,5 millió forintos költséggel épült meg.
1993–94-ben a volt gimnázium épülete egy harmadik szinttel bővült. Négy új tanterem, korszerű számítástechnikai szaktanterem és könyvtár létesült. Teljes ablakcserére is sor került, és az épület új külső vakolást kapott. Az iskola épületének, informatikai állományának, szakmai anyagának fejlesztése folyamatos. Pályázat keretében került sor a tantermekben interaktív táblák, projektorok felszerelésére, amely a pedagógusok oktató munkáját teszi hatékonyabbá. Az iskola mindhárom épülete akadálymentesített, a volt gimnázium épületében lift is működik. 2015-ben Lébény Város Önkormányzati épületeinek energetikai korszerűsítése pályázat keretében sor került a volt gimnázium épületének szigetelésére, újraszínezésére és az energia megtakarítása érdekében iskolánkban napelemes kiserőmű is működik.
