Lébényt III. Béla adományozta Saulnak, aki azonban a III. Béla halálát követő trónharcok során szembekerült az új uralkodóval, Imrével, ezért birtokvesztéssel sújtotta őt a király. Később azonban Imre megbékélt Saullal és 1199 körül visszaadta neki és fivéreinek, Pothnak és Chepánnak Lébényt, Reugent (Rajka) és Sásonyt (ma Zurány). Saul 1202-ben bekövetkezett halála után Poth és Chepán a birtokot nem tartották meg, hanem előbb egy Szent Jakabnak szentelt templomot és monostort emeltek Lébényben, majd a hozzá rendelt birtokokkal együtt a szentmártoni bencéseknek adományozták. Végrendeletében testvérük, Sándor, továbbá Mór nevű testvérük fia, István is birtokadományokkal járultak hozzá a monostor alapításához, mely a bőkezű adományoknak köszönhetően a leggazdagabb magánkegyúri apátságok egyike lett.
A történelmileg nem igazolható helyi hagyomány a monostor és a templom építésének évét 1206-ra teszi. Hogy a bencés monostor 1208-ban már ténylegesen létezett, azt egy abban az évben kelt oklevél is igazolja. Magyarország királya, II. András összeíratta a lébényi kolostor birtokait, számba vette szolgálónépeit és az apátságot megerősítette birtokaiban. Egy másik bizonyíték a templom 1212-es létezésére egy keltezetlen oklevél, amely arról tanúskodik, hogy lébényi Poth, a templom kegyura 1212-13-ban tett római zarándokútja előtt Lébényben, Szent Jakab templomában szabadította fel Joachim nevű szolgáját és annak fiát.
Lénárd volt az első ismert nevű lébényi apát, ő 1229-től 1232-i vezette a szerzetesi közösséget. A későbbiekben Miklós (1382), Gergely (1394), Péter (1396), Simon (1400-1421), Bertalan győri prépost (1430), Simon (1478), Mihály (1501), majd Majthényi Uriel (1505), később Miklós (1541), Kolozsvári János (1561), Máthéssy István (1563) és Baksay István voltak a monostor név szerint ismert Benedek-rendi apátjai.
1241-42 telén a tatárok dúlták fel a megye falvait. Moson földvára mellett csak a lébényi monostor és a templom menekült meg a pusztulástól. A templomban menedékre lelt lébényiek túlélték a veszedelmet, a falut azonban kifosztották és felégették a visszavonuló tatárok.
A tatárjárást követően a Győr nemzetségbeli István fia, Altenburgi (Óvári) Konrád lett a templom patrónusa. A XIII. század végi belháborúk során a király ellen forduló Óvári Konrádot IV. László 1289-ben megfosztotta Moson megyei birtokaitól és a lébényi templom kegyuraságától. A kegyvesztetté lett Konrád birtokai előbb a Héder nemzetség kezére jutottak, majd az Óvár központú királyi várbirtok részévé lettek. Az óvári vár és a hozzá tartozó várbirtok zálog címén 1364-től Vöröskői Wolfart, majd 1440-től a Szentgyörgyi (Bazini) család kezére került és maradt 1516-ig.
