1638 áprilisában történt beiktatásukat követően a jezsuiták felújíttatták a romos állapotú Szent Jakab-templomot. Sajnos a bedőlt tornyon és boltozaton a hiányokat nem az eredeti kőanyaggal, hanem téglával pótolták.
1683-ban Kara Musztafa bécsi hadjárata után a csalódottan visszaözönlő török sereg feldúlta a lébényi monostort és felgyújtotta a templomot is, amelyet - megint csak téglapótlásokkal - a jezsuiták javíttattak ki. A súlyos károkat szenvedett megye elpusztult, elhurcolt, elmenekült lakosságát ismét német és horvát telepesekkel pótolták. A török átvonulást követően pestisjárványtól sújtott Lébénybe is nagyszámú német jövevény érkezett.
A falu lakosságának meghatározó hányada ekkor jobbágyparaszt, megélhetésük forrása a földművelés és a hansági legelőkön a rideg állattartás. Sok volt azonban a halász és a pákász, a falu halászóvizeinek bérbeadása a községnek tisztes jövedelmet hozott.
A Rákóczi-féle szabadságharc éveiben – 1704-1709 között – Moson megye területe is hadszíntérré vált. Lébény lakóit is többször megsarcolták a faluban megszálló, vagy itt átvonuló labanc és kuruc hadak. 1710 őszétől – miként vármegye-szerte mindenütt – itt is pusztított a háborús idők szinte természetes velejárója, a "fekete halál".
1713-ban a helyi kézműipar fejlődésének jeleként Lébényben létrejöttek a varga-, csizmadia-, takács- és szabócéhek.
XIV. Kelemen pápa 1773 júliusában feloszlatta a jezsuita rendet. Birtokaik a katolikus iskolák fenntartására létrehozott Tanulmányi Alap kezelésébe kerültek. Az ily módon birtokát vesztett lébényi apátság és a Szent Jakab-templom gazdátlanná vált, nem használták, a falu katolikus plébániatemplomaként a Szent Margit-templom szolgált.
1786-ban újjászületett az evangélikus gyülekezet és alig egy évtized múltán megépült az evangélikus templom és az iskolaház. A templomot 1795. augusztus 20-án szentelték fel.
A XIX. század elején a Tanulmányi Alap által kezelt egykori apátsági birtok kárpótlás címén a Zichyek tulajdonába került és ettől kezdve a Zichy-család a falu egyetlen nagybirtokosa.
A napóleoni háborúk éveiben francia csapatok is megfordultak Lébényben. 1805. november 29-én még csak kilenc francia huszár "nyargalt bé" a faluba, majd miután "kívánságuk szerint elegendő bor adatott nékik felestekemre", visszafordultak Pozsony felé. Négy évvel később a falu már hosszabb időre francia megszállás alá került, június 14-től november 17-ig Lébény lakóinak 100 francia huszár és lovaik eltartásáról kellett gondoskodniuk.
